Д-р Ана Стойкова е професор в Секцията по стара българска литература, Институт за литература към БАН.
Научните ѝ интереси са в областта на кирилометодиевистиката, славянската и византийска агиографията и агиологията, славянската текстология, историята на средновековните славянски литератури, дигитализацията и компютърната обработка на средновековни славянски ръкописи. Един от авторите на История на българската средновековна литература (2008). Главен редактор на периодичната научна поредица Старобългарска литература. Член на редколегията на Кирило-Методиевската енциклопедия. Лектор по български език, литература и култура във Варшавския университет (2006–2011). Преподавала е дисциплините Стара българска литература, Кирилометодиевивстика, Християнство и литература в ПУ "Паисий Хилендарски" и в Нов български университет. Автор на книгите Физиологът в южнославянските литератури (1994), Първоучителят Методий (1995), Славянският Физиолог. Византийска редакция. Електронно издание на текста и сравнително изследване (2011) и на множество студии и статии.