Богословският факултет е създаден през 1923 г. През 1951 г. с постановление на Министерския съвет е отделен от СУ "Св. Климент Охридски" и обособен като висше духовно училище (Духовна академия) под ведомството на Българската православна църква. През 1991 г. след покана на ръководството на СУ "Св. Климент Охридски" Духовната академия отново става факултет на Университета.
Академичният състав на Богословския факултет се състои от 28 преподаватели, 13 от които хабилитирани. През учебната 2012/2013 г. в него по специалност Теология (богословие) се обучават 445 студенти: 347 за степен „бакалавър", 74 за степен „магистър" и 24 докторанти. Магистърските програми са Вяра и живот, Извори и традиция на богословието, Литургия и музика, Религия и образование, Съвременни аспекти на богословието, Християнска археология, Християнско поклонничество, Църковно социално дело (съвместно с Факултета по педагогика).
Богословският Факултет участва активно в програмите на Европейския съюз „Сократ" и „Еразъм" за мобилност на студенти и преподаватели. Периодично се изпращат кадри на специализации във водещи световни институти, с което се постига цялостно осъвременяване и повишаване на равнището на българската богословска школа. Развиват се перспективите за научноизследователска дейност в Св. Земя (Палестина) в областта на библеистиката, историята и изкуството. В действие е съвместен проект с Обединените Библейски дружества (Лондон) и Българското Библейско дружество (София) за нов интерконфесионален и функционален превод на Библията от оригинала на български език, дело на преводаческа комисия от библеисти-преподаватели.