Доц. д-р Елисавета Мусакова работи като главен архивист в Отдел „Ръкописи и старопечатни книги" на Националната библиотека „Св. св. Кирил и Методий".
Хоноруван преподавател е към катедра Изкуствознание в Националната художествена академия. Член е на международния съвет на Експертната група на библиотекарите на ръкописни колекции към CERL, на международния съвет на European Research Centre: Book and Paper Restoration – Conservation (Buchstadt Horn) и на Фондация „Манускрипта" (България) за проучване и издаване на славянски ръкописи. Секретар на Комитета за програмата „Паметта на света" към Националната комисия на България за ЮНЕСКО. Научната й дейност е в областта на славянската палеография и кодикология и по-специално украсата на средновековната (българска и византийска) ръкописна книга. Съавтор на три описа на славянски ръкописи, автор на 70 научни статии в български и чуждестранни издания.